Consiliul de Administrație (CA) al IER este format din nouă membri, numiți conform dispozițiilor art. 8 din OG 15/1998 privind Institutul European din România, cu modificările și completările ulterioare.
Președintele CA împreună cu patru membri sunt numiți de Primul-ministru, la propunerea Ministerului Afacerilor Externe (MAE). Academia Română, Parlamentul României prin Comisia pentru Afaceri Europene, confederațiile sindicale și organizațiile patronale reprezentative la nivel național, vor desemna câte un membru al CA.
Atribuţiile CA sunt:
- aprobă strategia și proiectele Institutului European din România;
- îl numește și îl revocă pe directorul general al Institutului European din România;
- dezbate programul anual, care se supune aprobării MAE, la propunerea directorului general;
- dezbate raportul anual al Institutului European din România, la propunerea directorului general, și îl supune aprobării MAE;
- dezbate proiectul bugetului anual de venituri și cheltuieli, care se supune aprobării MAE, la propunerea directorului general, precum și execuția bugetară din anul anterior;
- aprobă raportul directorului general privind descărcarea de gestiune a acestuia pentru perioada analizată;
- aprobă structura organizatorică, statutul și regulamentul de organizare și funcționare ale Institutului European din România;
- avizează colaborarea cu organizații interne și internaționale, precum și afilierea la organizații internaționale.
În prezent, Consiliul de administrație este format din următorii membri:
- Alina Bârgăoanu, președinte, reprezentant al Guvernului României/MAE
- Leonard Orban, membru, reprezentant al Guvernului României/MAE
- Dan Oancea, membru, reprezentant al Guvernului României/MAE
- Sergiu Celac, membru, reprezentant al Guvernului României/MAE
- Simona Moagăr-Poladian, membru, reprezentant al Guvernului României/MAE
- Maria Mușat, reprezentant al Parlamentului României, Comisiile pentru Afaceri Europene
- Acad. Florin Gheorghe Filip, membru, reprezentant al Academiei Române
- Radu Godeanu, membru, reprezentant al Confederațiilor patronale reprezentative la nivel național
- Horațiu Viorel Raicu, reprezentant al Organizațiilor sindicale reprezentative la nivel național